Мужской монастырь был основан по благословению преподобного Сергия и митрополита Алексия учеником и племянником св. прп. Сергия Радонежского — свт. Федором, уроженцем города Радонежа на землях, которые пожертвовал боярин Степан Васильевич Ховрин, принявший иночество с именем Симон, от чего и происходит название монастыря.
Монастырь был посвящен Рождеству Божией Матери
Традиционно считалось, что монастырь был основан в 1370 году. Современные исследователи относят основание к 1375—1378 годам или к весне-осени 1377 года.
В 1379 году монастырь был перенесён на новое место, которое было названо Новое Симоново. Новый монастырь был посвящён Успению Божьей Матери.
На прежнем месте (в Старом Симонове) сохранилась церковь Рождества Богородицы.
Преподобный Сергий Радонежский считал Симонов монастырь "отраслью" своей Троицкой обители и всегда останавливался здесь во время приездов в Москву.
Из стен Симонова монастыря вышла целая плеяда выдающихся святых подвижников и церковных деятелей
В 1405 году в монастыре была построена каменная соборная церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, строительство которой было начато в 1379 г.
В 1476 году купол собора сильно пострадал от удара молнии, поэтому в конце XV века храм был перестроен неизвестным итальянским архитектором.
Верх постройки восстановил при правлении Ивана III ученик итальянского зодчего Аристотеля Фиораванти
В 1543-49 гг. построен заново на старых фундаментах, после чего увеличился в размерах и стал пятиглавым.
В конце XVII века собор был расписан артелью московских царских мастеров. Тогда же был выполнен резной золоченый иконостас, в котором находилась главная реликвия монастыря — Тихвинская икона Богоматери, которой прп. Сергий Радонежский благословил Дмитрия Донского на Куликовскую битву. Здесь же хранился золотой крест, осыпанный алмазами и изумрудами — дар царевны Марии Алексеевны. Старые башни и стены монастыря строились в XVI веке. Как считают, их возводил "государев мастер" Федор Савельевич Конь — строитель Смоленского кремля.
В XVI веке в монастыре проживали и работали знаменитый деятель нестяжательства инок Вассиан и богослов прп. Максим Грек.
В XVI веке архитектор Фёдор Савельевич Конь построил башни и стены обители на средства Владимира Григорьевича Ховрина.
Укреплённый при Борисе Годунове монастырь отразил набег крымских татар Казы-Гирея в 1591 году
В память об отражении нападения крымского хана Казы-Гирея в 1591 году была сооружена надвратная церковь Всемилостивого Спаса. Над восточными воротами была возведена надвратная церковь Св. Николая Чудотворца.
По выражению летописца, Симонов монастырь неоднократно служил "щитом Москвы против врагов". За долгие годы своего существования Симонов монастырь не раз принимал на себя натиск вражеских полчищ, подвергался татарским набегам, в Смутное время был разорен и разрушен едва не до основания.
Частично дошедшие до наших времен новые стены монастыря и некоторые из башен, были сооружены в 1630 году, при этом в состав новой крепости вошли фрагменты старой крепости, построенной Федором Конем. Окружность монастырских стен составляла 825 м, высота — 7 м. Из сохранившихся башен особенно выделяется угловая башня "Дуло", увенчанная высоким шатром с двухъярусной дозорной башенкой. Две другие уцелевшие башни — пятигранная "Кузнечная" и круглая "Солевая" — построены в 1640-е годы, когда велась перестройка оборонительных сооружений монастыря, пострадавших в Смутное время.
Трапезная Симонова монастыря была сооружена в 1680 году на средства царя Федора Алексеевича артелью каменщиков во главе с Парфеном Петровым. В состав "Новой" трапезной с церковью Сергия Радонежского (1677—83; архитекторы И.Потапов, О. Д. Старцев) вошли фрагменты предыдущей постройки 1485 года. При строительстве нового здания Парфен Петров — мастер, строивший в традициях первой половины XVII века, использовал детали древней московской архитектуры, которые не пришлись по духу монастырским властям. Они возбудили против мастера судебную тяжбу, и три года спустя трапезная была перестроена заново в ярком, индивидуальном стиле московского барокко. На этот раз работами руководил известный московский мастер Осип Старцев — выдающийся зодчий конца XVII века много строивший в Москве и в Киеве.
В прежние времена монастырь был одним из самых известных и почитаемых в ближайшем Подмосковье; сюда стекалось и огромное количество людей, и богатые материальные вклады. Особенной любовью монастырь пользовался у царя Федора Алексеевича (старшего брата Петра I), который имел здесь собственную келью для уединения.
Новая трапезная Симонова монастыря стала одним из самых значительных сооружений конца XVII века. Пышно украшенное здание было ярко раскрашено "в шахмат" — стиль росписи, имитирующий каменную ограненную кладку. Церковь Сошествия Святого Духа при трапезной построена в 1700 году на средства царевны Марии Алексеевны, сестры Петра I. В XIX веке к ней были пристроены два придела.
В 1771 году монастырь был упразднен Императрицей Екатериной II и по случаю распространившейся в то время эпидемии чумы был обращен в чумной изолятор.
1795 г. - монастырь был восстановлен в своем религиозном качестве ходатайством графа Алексея Мусина-Пушкина. При этом его первым настоятелем стал архимандрит Игнатий (Ушаков).
В 1832 году было решено построить новую колокольню монастыря на средства, которые пожертвовал купец Иван Игнатьев. По первоначальному проекту колокольня должна была быть построена в стиле классицизма по проекту Н. Е. Тюрина, однако в те времена уже набирало силу движение за возврат к более традиционной для России архитектуре. В итоге к 1839 году была возведена величественная пятиярусная колокольня высотой 90 метров в "русско-византийском стиле" по проекту К. А. Тона. Звонница, вдохновленная "Иваном Великим", превосходила его высотой на 9 метров. Самый большой из висевших на колокольне колоколов весил 1000 пудов. На четвёртом ярусе были установлены часы. Колокольня была одной из архитектурных доминант Москвы своего времени и зрительно формировала завершённую картину живописной излучины Москва-реки вниз по течению от города.
После захвата власти большевиками в 1920 году монастырь был упразднён.
1923 г. - в монастыре был учреждён музей, просуществовавший до 1930 года. Директор музея, Василий Иванович Троицкий (1868—1944), наладил отношения с церковной общиной: разрешил службы в одном из храмов монастыря в обмен на предоставление сторожей и дворников за счёт общины.
В 1920-е годы архитектором С. К. Родионовым была проведена реставрация строений монастыря.
В январе 1930 года правительственная комиссия признала, что часть древних сооружений на территории монастыря могут быть сохранены как исторические памятники, но собор и стены следует снести.
Варвары взрыв назначили в ночь на 21 января, в годовщину смерти В. Ленина. На воздух взлетели пять из шести церквей, в том числе Успенский собор, колокольня, надвратные церкви, а также башни Сторожевая и Тайницкая с прилегавшими к ним постройками.
На рабочих субботниках были разобраны все стены монастыря, кроме южной, а такжеуничтожены все могилы на территории обители.
На месте развалин "крепости церковного мракобесия", как писал журнал "Огонек", в 1932—1937 годах был построен Дворец культуры ЗиЛ.
Незастроенную часть монастыря вернули верующим и начали восстанавливать в начале 1990-х гг.
В настоящее время сохранилась лишь малая часть построек Симонова монастыря:
южная стена с тремя башнями
"новая" трапезная с церковью Св. Духа (1677—83; архитектор О. Старцев),
братский корпус XVII века, "старая" трапезная палата (1485, XVII в.),
мастеровая палата
хозяйственная постройка — "солодежня" или "сушило".
Башни монастыря:
"Дуло" (сохранилась)
Кузнечная (сохранилась)
Солевая (сохранилась)
Сторожевая (уничтожена в 1930 г.)
Тайницкая (уничтожена в 1930 г.)
Монастырское кладбище:
В монастырском соборе были похоронены Симеон Бекбулатович — крещеный касимовский царевич, Иваном Грозным венчанным в 1575 году "царем и великим князем всея Руси" и через год им же "свергнутый". Ослепленный в 1595 году, в 1606 году он был пострижен на Соловках и умер в Симоновом монастыре под именем схимника Стефана.
Здесь же был погребен сын Дмитрия Донского Константин Дмитриевич (во иночестве Кассиан), князья Мстиславские, Темкины-Ростовские, Сулешевы, бояре Головины и Бутурлины.
На территории Симонова монастыря находилось большое кладбище. В 1930-х годах, одновременно с монастырём, большевиками был уничтожен и некрополь. С разорённого кладбища на Новодевичье были перенесены останки поэта Д. В. Веневитинова и писателей С. Т. и К. С. Аксаковых.