Не следует путать кладбище Данилова монастыря с Даниловским кладбищем, располагающимся примерно в 1 км к юго-западу.
В течение века, последовавшего за изданием указа 1771 года о запрете хоронить покойников в городах, на территории Данилова монастыря, как и других ближних подмосковных обителей, сформировался обширный некрополь с могилами купцов Бабкиных, Захаровых, Куманиных, Овчинниковых, Хлебниковых. На могильных досках встречались и громкие дворянские фамилии — Барятинские, Волконские, Вяземские, Голицыны, Львовы, Мещерские, Путятины, Урусовы.
Советские власти разорили и закрыли монастырь в 1930 году.
Летом 1931 года был разорен и снесен монастырский некрополь. Несколько захоронений были перенесены.
С 1929 года на территории монастыря был размещён приёмник-распределитель НКВД, умерших от голода и болезней детей захоранивали у северной стены монастыря, на бывшем монастырском кладбище. В память о младенцах умерщвлённых большевиками и захороненных у стены Данилова монастыря, в мае 1988 года была освящена часовня
