Возведён на Московскую кафедру 26 сентября 1490, после смерти митрополита Геронтия, по воле Великого князя, собором русских епископов.
Был близок к лидерам жидоствующих, высказывался против казни еретиков-жидоствующих, и потому был заподозрен в еретичестве.
В 1492 году (соответствовавшем 7000 году "от сотворения мира") Зосима составил пасхалию на "осьмую тысящу лет".
В предисловии к своему "Изложению Пасхалии" он сформулировал основы концепции "Москва − Третий Рим", однако полная формула этой идеи содержится лишь в посланиях старца Филофея.
В 1494 году "своея ради немощи" Зосима оставил митрополию и поселился сначала в Симоновском, а затем в Троице-Сергиевском монастыре
1496 году, "причащался божественных таин на орлеце, во всем святительском чину", то есть не был лишён сана.
Умер в 1496 г.
Митрополит Макарий (Булгаков) выдвинул версию о снисхождении в отношении Зосимы, ибо "он не был судим на Соборе, не был осуждён и наказан как еретик". Миторополит Макарий даёт такую оценку: "Зосима был самый недостойный из всех Русских первосвятителей и единственный между ними не только еретик, но и вероотступник"
